期刊简介

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  • 杂志名称:中国病原生物学杂志
  • 主管单位:中国寄生虫病防治杂志
  • 主办单位:中华人民共和国卫生部
  • 国际刊号:11-5457/R
  • 国内刊号:11-5457/R
  • 出版周期:月刊
期刊荣誉:中华预防医学会、系列杂志优秀期刊期刊收录:上海图书馆馆藏, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 维普收录(中), 国家图书馆馆藏, 知网收录(中), 万方收录(中), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
中国病原生物学杂志2016年第07期

结核分枝杆菌Rv0867c基因的生物信息学分析

路晓红;付玉荣;伊正君

关键词:复苏促进因子A, 结核分枝杆菌, 结构, 功能, 生物信息学
摘要:目的 应用生物信息学软件分析结核分枝杆菌Rv0867c及其编码的复苏促进因子A(resuscitation-promoting factor A,Rpf A)的结构功能及抗原表位. 方法 从NCBI数据库获取Rv0867c的基因信息;应用ProParam预测RpfA蛋白的理化性质;采用SignalP 4.0及TMHMM分析其信号肽及跨膜区;利用在线分析Expasy工具分析蛋白二级结构,建立蛋白的三级结构模型;利用ABCpred、BepiPred 1.0 Server以及SYFPEITHI、NetMHCIIpan 3.1 Server分析蛋白的B细胞及T细胞抗原表位. 结果 Rpf A蛋白具有407个氨基酸残基,该蛋白N端存在信号肽序列,具有跨膜结构.二级结构中无规卷曲约占63.14%,结构疏松.三级结构同源建模与Rpf B具有高度相似的序列.Rv0867c具有潜在的B细胞抗原表位46-57、61-74、108-123、307-320及85-98等,T细胞抗原表位82-90、337-345、167-175、207-215及263-271等. 结论 生物信息学预测Rpf A具有良好的抗原表位,是诊断及治疗结核的潜在候选因子.