期刊简介

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  • 杂志名称:中国病原生物学杂志
  • 主管单位:中国寄生虫病防治杂志
  • 主办单位:中华人民共和国卫生部
  • 国际刊号:11-5457/R
  • 国内刊号:11-5457/R
  • 出版周期:月刊
期刊荣誉:中华预防医学会、系列杂志优秀期刊期刊收录:上海图书馆馆藏, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 维普收录(中), 国家图书馆馆藏, 知网收录(中), 万方收录(中), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
中国病原生物学杂志2018年第10期

刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶2B的生物信息学分析

张越;尹维文;赵旭;吴芷静;尹德琦;王大为;陈启军;姜宁

关键词:弓形虫, CDPK2B, 分子生物学分析, 免疫原性
摘要:目的 对刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶2B(TgCDPK2B)进行生物信息学分析,预测其免疫原性及其功能.方法 利用生物信息学在线预测软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM、SignalP-4.1、Targetp1.1Server、SOPMA、Motif Scan、SWISS-MODEL、SYFPEITHI等分析预测TgCDPK2B蛋白的理化性质、可溶性、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、二级结构、蛋白翻译后修饰位点,以及三级结构、可溶性、柔韧性、表面可及性、B细胞和T细胞抗原表位等. 结果 CDPK2B蛋白含有604个氨基酸,分子式为C2965H4633N823O890S23,相对分子质量(Mr)为66.78676×103,理论等电点为6.40,不稳定指数为31.70,脂溶性指数为77.43,平均疏水性系数为-0.440 562,属于亲水性蛋白.TgCDPK2B蛋白无信号肽和跨膜区,在该蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规则卷曲所占比例分别为38.58%、15.4%、11.42%和34.60%;TgCDPK2B蛋白含有11个亲水性和11个柔韧性参数>2.0的区域,28个表面可及性>1.9的区域,8个暴露表面得分>2.3的区域.TgCDPK2B蛋白共有4种翻译后修饰位点,33个B细胞抗原表位,13个CTL细胞抗原表位,34个Th细胞抗原表位. 结论 生物信息学预测TgCDPK2B为可溶性蛋白,含有多个B、T细胞抗原表位,可作为弓形虫疫苗抗原候选.