期刊简介
本刊坚持以马克思主义、毛泽东思想为指导，遵循党的基本路线，贯彻理论与实践相结合，普及与提高相结合，“百花齐放，百家争鸣”的方针，坚持面向科研、教学、临床和防治，充分反映我国病原生物学的研究水平，促进我国病原生物学事业的发展。
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首页>中国病原生物学杂志
- 杂志名称：中国病原生物学杂志
- 主管单位：中国寄生虫病防治杂志
- 主办单位：中华人民共和国卫生部
- 国际刊号：11-5457/R
- 国内刊号：11-5457/R
- 出版周期：月刊
期刊荣誉：中华预防医学会、系列杂志优秀期刊期刊收录：上海图书馆馆藏, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 维普收录(中), 国家图书馆馆藏, 知网收录(中), 万方收录(中), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版)
基于高通量测序数据的人兽共患病病原微生物快速分析平台构建
李家宽；李江域；王小磊；王习文；赵东升；夏志平
关键词：人兽共患病, 动物源疫病, 高通量测序, 云计算, 容器
摘要：目的 构建基于高通量测序数据的人兽共患病病原微生物快速分析平台,实现人兽共患病病原微生物的快速分析. 方法 收集整理与重要人兽共患病相关的病原以及宿主的参考基因组数据库,集成并优化用于病原微生物检测分析的RINS算法,开发自动化处理流程和Web可视化界面,利用Docker容器技术对集成分析平台进行封装. 结果 在Linux服务器上使用鸽子宏基因组测序数据对分析平台进行验证,根据分析结果,发现除了有鸽子基因序列外,16.1％的序列注释到了细菌,2.2％注释到了病毒,32.9％的序列注释到了真菌,剩下48.8％为未知序列,对样本中细菌的携带信息进行统计,比对到巴氏杆菌、大肠埃希菌、沙门氏菌的序列数量较多,此结果与数据来源单位中鸽子相关的流行病学研究一致. 结论 本研究成功构建基于NGS的病原微生物检测分析平台,封装好的容器可以在云端快速部署和迁移;对已集成的RINS算法中Blat比对环节进行了优化,提高了数据分析处理速度;利用鸽子宏基因组测序数据对建成的分析平台进行验证,该平台具备人兽共患病病原微生物快速分析的能力.基于NGS的病原微生物检测方法为人兽共患病的防控和监测增添了新的解决方案.
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